Структурными подразделениями Института являются: отделение технологии сельскохозяйственного производства (ОТСХП); отделение естественных наук и природных ресурсов (ОЕНПР).
Для проведения научно-исследовательской работы институт располагает учебно-научными лабораториями и центрами: химических проблем экологической безопасности, качества сельскохозяйственной продукции,исследований условий труда и др.